ด้วยประเพณีที่สามารถมีภรรยาได้หลายคน อีดี อามินแต่งงานอย่างน้อย 6 ครั้ง ภรรยา 3 คนหย่าร้าง ภรรยาคนแรกมัลยามูและเคย์ ภรรยาคนที่สองแต่งงานกับอามินในปี พ.ศ. 2509 แต่งงานกับนอราในปีถัดมาและแต่งงานกับมาดินา พ.ศ. 2515 ในวันที่ 26 มีนาคม พ.ศ. 2517 เขาประกาศทางวิทยุประเทศยูกันดาว่าได้ทำการหย่ากับมัลยามู, นอราและเคย์[53][54] ในเดือนเมษายนปีเดียวกัน มัลยามูถูกจับขังไว้ที่เมืองโตโรโร่ชายแดนติดกับประเทศเคนยา ในข้อหาพยายามปล้นกระชอนผ้าในเคนยา ภายหลังเธอย้ายไปอยู่ที่กรุงลอนดอน[53][55] เคย์ อามินเสียชีวิตในวันที่ 13 สิงหาคม พ.ศ. 2517 ตามรายงานเธอเสียชีวิตเนื่องจากพยายามทำแท้งโดยนายแพทย์มบาลู มุกาซา คนรักของเธอ (เขาได้ฆ่าตัวตายในเวลาต่อมา) ร่างของเธอถูกพบในสภาพฉีกขาด ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2518 ขณะที่องค์การเอกภาพแอฟริกา (Organisation of African Unity : OAU) จัดการประชุมกลุ่มผู้นำในกรุงกัมปาลา อามินได้แต่งงานกับซาราห์ เกียวลาบา คนรักของซาร่าห์ที่อยู่ด้วยกันก่อนที่ซาราห์จะพบกับอามินได้หายตัวไปและไม่สามารถติดต่อได้อีกเลย มีรายงานว่าในปี พ.ศ. 2546 อามินได้แต่งงานอีกครั้งก่อนที่จะเสียชีวิตเพียงไม่กี่เดือน[55]

จากแหล่งข่าวที่ต่างกัน คาดว่าอามินมีบุตรและธิดารวม 35-40 คน[D] กระทั่ง พ.ศ. 2546 ทาบาน อามิน ลูกชายคนโตของอามิน นำกลุ่ม West Nile Bank Front (WNBF) ก่อจลาจลต่อต้านรัฐบาลของโยเวลี มุเซเวนี พ.ศ. 2548 ได้รับนิรโทษกรรมจากมุเซเวนี ปีถัดมารั้งตำแหน่งเป็นสมาชิกขององค์กรรักษาความสงบภายในประเทศ[56] ซึ่งเป็นองค์กรลับของรัฐบาลยูกันดา ลูกชายคนอื่นของอามินที่มีชื่อเสียงก็มีหัจญี อาลี อามิน ที่ลงสมัครเป็นประธานสภาเมืองนเจรู แต่ไม่ประสบความสำเร็จ[57] ต้นปี พ.ศ. 2550 จาฟฟาร์ อามิน ออกมาตอบโต้ทีมงานของภาพยนตร์เรื่อง เผด็จการแผ่นดินเลือด จาฟฟาร์ อามิน กล่าวว่าเขาต้องเขียนหนังสือ เพื่อกอบกู้ชื่อเสียงของพ่อเขาคืน[58] 3 สิงหาคม พ.ศ. 2550 ไฟแซล วานกิตา ลูกชายคนหนึ่งของอามินถูกจับกุมในคดีฆาตกรรมที่กรุงลอนดอน[59]